LncRNA测序
技术介绍
LncRNA在转录，转录后调控中都发挥重要的作用。LncRNA 测序是对包括lncRNA和mRNA在内的线性转录本进行测序。与普通转录本不同的是， LncRNA测序的文库构建不依赖于磁珠对PolyA转录本的捕获，而是对total RNA 去除核糖体后进行建库测序，可用于新的lncRNA的挖掘。
技术路线
送样要求
| 样本类型 | 样本需求量 | 样本浓度 | 样本纯度 | 样本完整性 | 备注 |
|---|---|---|---|---|---|
| 人、大鼠、小鼠类 | 大于等于1μg | 大于等于100ng/ul | OD260/280=1.8~2.2 | 6.0 ≤ RQN | 去蛋白并进行 DNase 处理后的完整总 RNA |
| 植物叶片、茎类 | 大于等于2μg | 大于等于100ng/ul | OD260/280=1.8~2.2 | 6.0 ≤ RQN | 去蛋白并进行 DNase 处理后的完整总 RNA |
| 其他动物、植物、微生物类 | 大于等于2μg | 大于等于100ng/ul | OD260/280=1.8~2.2 | 6.0 ≤ RQN (软体动物不除外) | 去蛋白并进行 DNase 处理后的完整总 RNA |
常见问题
Q1：LncRNA测序数据量一般要求多少？
对于有参考基因组的物种，一般推荐15G，而如果要检测更多低丰度的转录本，则推荐18-20G。
Q2：LncRNA测序相比较普通转录组有什么不同？
LncRNA是对除了rRNA 之外的所有线性转录本的测序，包括mRNA, PolyA+ lncRNA，PolyA- lncRNA，而普通转录组仅仅是对PolyA+的转录本进行测序。