全基因组重测序
技术介绍
重测序可以获得大量的遗传多态性信息，包括单核苷酸多态性（SNP）、插入缺失（InDel）、结构变异（SV）、拷贝数变异（CNV）等。
技术路线
送样要求
| 样本类型 | 样本需求量 | 样本浓度 | 样本质量 | 样本采集与保存 | 备注 |
|---|---|---|---|---|---|
| 双链 DNA 样品 | 大于等于200ng | 大于等于5ng/µl | 基因组条带琼脂糖检测无明显弥散条带 | -80℃冰箱保存并尽快干冰运输 |
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| 动植物组织 | 动物组织≥30mg, 植物组织≥50mg | 样本收集后清除表面杂质后迅速放入液氮速冻，-80℃保存，干冰运输 | |||
| 临床病人或实验动物全血 | 血液体积≥1ml | 采血管使用 EDTA/柠檬酸钠抗凝剂的采血管中（紫盖），避免使用其他类型采血管。血液采集后立即轻柔颠倒混匀, 防止凝血，随后将采血管放入液氮中速冻，之后-80℃冰箱保存并尽快干冰运输。 | |||
| 培养细胞 | 细胞数量≥10^6 | 细胞沉淀液氮速冻后-80℃保存 | |||
| 菌体样品 | 细胞数量≥5*10^6 | 菌体样品除去培养基收集菌体后，迅速放入液氮速冻，-80℃保存，干冰运输 | |||
| 粪便 | 大于等于2g/样 | 取新鲜的粪便，装在灭菌离心管中，迅速放入液氮速冻，-80℃保存，干冰运输 |
样本总量不足、降解等可能存在的风险及建议:
- RNA 总量不足或过低：可能导致文库构建失败、文库产量低不能上机测序或测序数据量不足；可能导致 RNA-Seq 数据 duplication 比例高，随机性差；
- 降解样品：可能导致建库失败；可能导致 RNA-Seq 数据 duplication比 例高，随机性差；可能导致 Small RNA 分析来源于rRNA 数据污染比例高，影响有效数据，文库片段分布异常；可能导致基因定量不准；
- 精子/血清/血浆 RNA：RNA浓度极低，建库风险高，可能导致建库失败；文库中可能接头污染率高，基因组比对率低；
- 蛋白或其他不溶杂质污染：可能影响 RNA-Seq 磁珠分离 mRNA 及反转录效率，导致建库失败；即使达到上机要求，也可能导致 RNA-Seq 文库随机性差， duplication 比例高，基因定量不准（常见于多糖多酚植物样本）等问题。
对于样品存在上述风险，合作伙伴仍要求建库，由合作伙伴承担责任与风险。
常见问题
Q1 ：客户自提取的基因组产物粘稠怎么办？
严重粘稠的样品不利于下游建库，建议纯化。
Q2 ：基因组重测序测序深度为多少？
一般个体重测序，推荐10-30X测序深度，群体重测序推荐5-10X。可根据客户目的进行调整。