特色平台

染色质可及性研究——ATAC-Seq

技术介绍

染色质的开放程度决定了转录因子等调控蛋白的结合，进而调控下游基因的表达。ATAC（ Assay for Transposase Accessible Chromatin ） 是基于转座酶技术研究染色质开放程度的新兴技术，具有重复性高，细胞用量少（少至单细胞水平），操作简单，用时短等诸多优点，已成为研究染色质开放程度的首选技术。

技术原理和路线

送样要求

样本要求 处理方法 备注
  1. 建议细胞为生长状态良好、活性良好的新鲜细胞；
  2. ATAC 实验对细胞数量要求严格，请务必做好细胞计数工作；
  3. 单个样本或一个生物学重复建议细胞数目为 80,000-100,000 个，单个样本建议分装至少2 份寄送，备用，以保证细胞数目足够。生物学重复建议 3-5 个。
  1. 收集细胞活性在 80%以上，生长状态良好的细胞；
  2. 收集细胞活性在 80%以上，生长状态良好的细胞；
  3. 使用完全培养基轻轻吹打使细胞均匀，计数，以调整细胞总数；
  4. 转移适量细胞至 1.5 mL 离心管，低速离心沉淀细胞后，使用 100-200ul 培养基轻轻重悬；
  5. 使用封口膜封好离心管，用碎冰保持管周边温度在 4℃左右，闪送至公司。
 务必检测和保证无支原体等污染
样本要求 处理方法 备注
  1. 使用冻存液重悬细胞沉淀，每个冻存管中要求细胞数量80,000-100,000 个；（细胞冻存液配方： 90%胎牛血清+10%DMSO）*建议所送冻存前新鲜细胞活性高，生长状态良好；
  2. 一次反应所需的细胞数对于 ATAC 实验至关重要，请务必做好细胞计数工作；
  1. 收集细胞活性在 80%以上，生长状态良好的细胞；
  2. 轻轻吹打使细胞均匀，计数调节冻存液中细胞的最终密度为 50,000-80,000个/ml；
  3. 转移体积为 1mL 的细胞悬浮液至冻存管中；
  4. 把冻存管放到程序降温盒内，再把程序降温盒放到-80℃的冰箱里，以保护细胞不被损伤（无程序降温盒的老师可以用正常细胞冻存流程代替）；
  5. -80℃降温 24h 后，即可使用干冰运输。
 务必检测和保证无支原体等污染
处理方法
  1. 取下新鲜组织，立即剔除结缔组织和脂肪等杂质；
  2. 用预冷的 PBS 溶液漂洗，将组织表面的血渍冲洗干净；
  3. 如果组织体积较大，将组织切成长宽高均≤0.5cm 的小块；
  4. 将处理好的组织样本混合均匀后保存于 1.5ml 离心管中，每管 20mg-40mg 左右（每个样本分装 2 管），准确标记样品名称。
  5. 迅速置于液氮中速冻，然后转移至-80℃冰箱中保存；
  6. 为确保实验的顺利，建议样品备份 1-2 份，以防部分样品降解重新取材、制备或送样；
  7. 将冻存管置于密封性好的塑料袋中，用胶布缠到冰袋上，并在泡沫盒中装入足量的干冰，进行运输。
处理方法
  1. 从植物体上，取下新鲜组织。取材后需用清水将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净，吸干水分；
  2. 如果组织体积较大，应在冰上将组织剪切成小块或薄片，然后放入 1.5ml 离心管中，每管50mg 左右，每个样本分装 2 管，准确标记样品名称；
  3. 迅速置于液氮中速冻，然后转移至-80℃冰箱长期保存；
  4. 为确保实验的顺利，建议样品备份 1-2 份

常见问题

Q1：ATAC文库测多少数据量
对于有参考基因组的物种，一般推荐12-15G，而如果要检测更多低丰度的Peaks，则推荐16-20G。
Q2：ATAC测序需要几个生物学重复？
建议做3个及以上。