全基因组甲基化（WGBS ）测序
技术介绍
DNA甲基化是指DNA被甲基(CH3，OCH3等)修饰，该修饰可以影响基因的功能或者表达，是重要的表观遗传标记信息。 WGBS（Whole-genome bisulfite sequencing）被视为甲基化测序的“金标准”。 该技术利用亚硫酸氢盐(Sodium Bisulfite)处理基因组DNA，基因组上未甲基化的C变成U并在后续PCR和测序过程成为T，而甲基化的C不受影响。 WGBS可以对全基因组范围内的CpG/CHG/CHH 位点的甲基化进行分析，用于绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。
技术路线
送样要求
| 样本类型 | 样本需求量 | 样本浓度 | 样本纯度 | 样本质量 | 备注 |
|---|---|---|---|---|---|
| 双链 DNA 样品 | 大于等于11 μg | 大于等于20 ng/μl | OD260/280=1.8~2.2 | 样本原液无粘稠，颜色无异常样品的琼脂糖检测无明显弥散条带 | |
| 血浆 cfDNA | 大于等于1μg | 大于等于20 ng/μl | OD260/280=1.8~2.2 | 无白细胞污染的血浆样本，并在 173bp 左右有明显的主峰 | |
| 全血 | 大于等于1ml | 枸橼酸钠或EDTA抗凝，不建议使用肝素抗凝 | |||
| 冷冻组织 | 动物组织≥100mg，植物组织：≥100mg | 新鲜组织液氮速冻30min，-80℃保存，干冰运输 | |||
| 石蜡包埋组织 | 8-10片石蜡片 | 厚4~5μm/片，提供H&E染片，常温保存和运输 |
样本生物学重复建议：
- 普通样本：注意选取处理组和对照组（建议3个生物学重复）；
- 临床样本：肿瘤组织和癌旁组织（建议每组10例样本以上）
常见问题
Q1：WGBS推荐测序数据量？
20-30X测序深度。