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普通转录组测序

技术介绍

普通转录组测序主要是对真核生物mRNA进行文库的构建和测序。用于研究特定组织样本或者细胞在不同处理、不同阶段等特定条件下的转录状态。 测序数据可以进行基因的表达情 况,差异基因,功能富集,新转录本预测等生物信息学分析,为基础科研和临床研究助力。

技术路线


送样要求

样本需求量 样本浓度 样本纯度 样本完整性
大于等于1μg 大于等于100ng/ul OD260/280=1.8~2.2 6.0 ≤ RQN
样本需求量 样本浓度 样本纯度 样本完整性
大于等于1.5μg 大于等于100ng/ul OD260/280=1.8~2.2 6.0 ≤ RQN
样本需求量 样本类型 样本采集与保存
50mg ≤ 动物组织,80mg ≤ 植物组织 未提取 RNA 的组织 样本收集后清除表面杂质后液氮速冻, -80℃保存
样本需求量 样本类型 样本采集与保存
10^6 ≤ 细胞数量 培养细胞 细胞沉淀加 trizol 混匀后-80℃保存
样本需求量 样本类型 样本采集与保存
3ml ≤ 血液体积 临床病人或实验动物全血 采血管请务必使用EDTA/柠檬酸钠抗凝剂的采血管中(紫盖),避免 使用其他类型采血管。血液采集后立即轻柔颠倒混匀, 防止凝血。
样本需求量 样本采集与保存
5*10^6 ≤细胞数量 菌体样品除去培养基收集菌体后,立即液氮速冻,-80℃保存,干冰寄送

用于提取 RNA 的医口组织送样,建议优先选择液体送样(即将样本放在 RNAlater 等 RNA 保护液或者Trizol 中送样),以防 RNA 降解。

1、RNAlater 处理样本(肿瘤组织优先选择 RNAlater 处理):
  1. 组织离体后,尽可能在冰上快速分成小块,浸泡在 5 倍体积的 RNAlater(RNA 组织保存试剂),充分浸润后,-80℃保存,干冰运输;
  2. 组织块直径最好介于 1mm-5mm(介于小米粒到绿豆之间),过小不利于样本收集,过大保护液不能均匀地渗透到组织细胞,放入足量干冰箱寄送或置于-80℃保存;
  3. RNAlater 适用于肿瘤以及容易降解的组织部位送样;其他正常组织同样适用;
  4. 为确保实验的顺利,建议样品备份 1-2 份,以防部分样品降解而重新取材、制备或送样。
2、Trizol 处理样本:
  1. 组织离体后,尽可能在冰上快速分成小块,浸泡于 TRIzol 中,冻存管或者离心管封口膜封好后送样;
  2. 组织块直径最好介于1 mm-5 mm(介于小米粒到绿豆之间),过小不利于样本收集,过大则保护液不能均匀渗透到组织细胞,放入足量干冰箱寄送或置于-80℃保存;
  3. 适用于培养或收集的各种细胞以及液氮研磨新鲜组织样品;其他常规组织也同样适用。
3、液氮冷冻样品
  1. 组织取样前准备好足够的液氮和已写好样品名称编号的冻存管(液氮速冻要充分)
  2. 迅速取下合适大小的新鲜的组织部位,快速进行清洁等处理后,迅速浸没于液氮中;
  3. 将组织样品从液氮取出放入准备好的预冷的冻存管中,再次将样品进行液氮冷冻后放入足量干冰箱寄送或置于-80℃保存。
  4. 适用于足够新鲜且不易降解的组织部位送样,其他正常组织同样适用。

人类精子中含有微量RNA,提取难度高于普通细胞类型。

样本需求量 样本采集与保存
10^7 ≤细胞数量 细胞沉淀加trizol 混匀震荡后-80℃保存

常见问题

Q1:普通转录组测序数据量一般要求多少?
对于有参考基因组的物种,一般推荐6G,而如果要检测更多低丰度的转录本,则推荐10-12G。
Q2:转录组测序需要几个生物学重复?
转录组测序需要几个生物学重复? 至少做2个生物学重复,有条件的建议做3个及以上。