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高通量检测平台

高通量测序分析

高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(Next Generation Sequencing,NGS)足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(Deep Sequencing)。

对于微生物群落多样性分析,基于Roche 454 FLX +、Illumina MiSeq等第二代高通量测序平台,对核糖体DNA高变区域,比如16S/18S/ITS等序列;或功能基因,比如细菌和古菌的氨氧化酶基因、硫酸盐还原菌的异化型亚硫酸盐还原酶基因进行测序分析,揭示环境样品中众多不同类型微生物种类以及它们之间的相对丰度和进化关系。高通量测序获得庞大的数据信息,通过生物信息学手段,结合统计分析,对大量数据进行PCA、PCoA等分析,得出不同条件取样中微生物的主要组成成分是否存在差异;并进一步通过RDA分析,找到与环境因子(理化因子、疾病等)相关的微生物群落组成。探讨微生物多样性,对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源利用,及疾病预防和诊断等有着重要的理论和现实意义。
高通量测序及微基生物的优势:
1.测序通量高,可检测到环境样品中的痕量和微量微生物。
2.PCR产物可直接进行测序,结果稳定,重复性强,实验周期短。
3.微基生物开发了一套稳定的多样本平行测序实验方案,解决了样本间数据量不平衡的技术难题,一次可实现上百个样品的平行测序。
4.微基生物采用顶级期刊杂志Science中2012年7月发表文献中的低偏差扩增LEA-Seq)方法构建文库,更真实的还原样本中微生物的分布比例。
5. 微生物群落多样性分析有Roche 454 FLX +和Illumina MiSeq两种高通量测序平台可供选择,根据不同的测序要求提供不同的解决方案。
6.专业的生物信息学分析人员,真实准确的对测序结果进行数据分析,针对客户的不同需求,提供专业的分析流程和结果。
生物信息学分析流程:
高通量测序分析
实验流程:
技术路线:
高通量测序分析
基因组DNA抽提:
针对客户的样本来源不同,我们针对性优化不同的基因组抽提方法,已达到提取效果最佳。
高通量测序分析
扩增区域的选择:
细菌16S区域的选择高通量测序分析
真菌18S区域的选择
高通量测序分析
原核微生物16S、真核微生物18S PCR、真菌ITS、功能基因目的片段的LEA-Seq PCR扩增

根据样品基因组DNA浓度及预实验电泳结果,调整模板的量及PCR循环数,进行低偏差LEA-Seq PCR扩增,确保每个样品扩增结果亮度明显,条带单一。
多样本平行测序
1.多样本同时进行高通量测序,样本数目高达上百个。
2.各样本之间通过barcode标签进行区分。
3.微基生物生物自己开发了一套稳定的多样本平行测序分析方案,分析结果准确详尽。
生物信息学分析
1. 数据回归样品
根据barcode信息将测序数据回归样品
2. 数据统计分析
有效序列及优化序列的数据统计,可提供准确的reads数据的统计
高通量测序分析
3.单样品数据分析
1)计算菌落多样性和丰度指数
高通量测序分析
2)取样深度测试(Rarefaction Curve)
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3)序列聚类OUT分类学表
高通量测序分析4.多样品数据分析
1)各样品群落结构分析柱状图
高通量测序分析
2)全样品相似度分析树状图高通量测序分析
3)样品OTU分布比较-VENN图
可以进行2样本、3样本、4样本、5样本的VENN图
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4)Heatmap热图分析
高通量测序分析
5)组间显著性差异分析(metastats分析)
高通量测序分析
6)PCA分析(Principal Component Analysis)
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7)RDA分析
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8)OTU分类学信息统计表
高通量测序分析
高级生物信息学统计分析:
1 微生物种类分级进化树分析
高通量测序分析
2 网络图分析方案
高通量测序分析
3进化树分析
高通量测序分析
送样要求
送样类型1
(1)样品类型:粪便,新鲜取样,冻存于-80℃
(2)样品需求:≥2g
(3)样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输
(4)对于本种类型的样品,我们将采用Qiagen QlAamp DNA tool Mini Kit进行基因组DNA抽提
送样类型 2
(1) 样品类型: DNA
(2) 样品需求量:≥300ng
(3) 样品浓度: ≥10ng/μL
(4) 样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解
(5) 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输
(6) 对于本种类型的样品,我们在检测完样品的质量后,进行PCR扩增等后续试验。